Voici les étapes que j'ai suivies:
1. Programmes VoIP indépendants
Il en existe toute une série, souvent l'équivalent d'une version Windows classique (X-Lite, ExpressTalk, SJPhone, etc.). Voici aussi cet autre post. Ils ont tous les mêmes inconvénients: ils gèrent en général leur propre liste de contacts, et ils ne fonctionnent qu'avec le haut-parleur à l'arrière, donc à moins de partager vos appels avec votre entourage il faut impérativement une oreillette. Il y a bien un programme qui permettrait de forcer l'utilisation de l'écouteur (switch), mais je n'ai pas réussi à le faire fonctionner. De toute façon il faut l'activer et le désactiver entre deux appels VoIP: pas très pratique.
Donc: l'intégration n'est pas optimale, et sans oreillette ça ne convient pas.
2. Client VoIP de Microsoft
Dans Windows Mobile 6 il y a bien un composant pour gérer le VoIP, mais la plupart du temps (lire: jamais) il n'est pas fourni avec le téléphone. On se demande pourquoi...

3. Configuration VoIP
Le programme Sip Config Tool peut le faire pour vous, après installation du client Microsoft: les paramètres habituels sont là (adresse du serveur SIP, id & mot de passe). Important: il faut choisir un nom reconnaissable pour la description, par exemple: voipbuster ou asterisk.
Il faut encore configurer l'appareil pour activer la VoIP. Dans les paramètres du téléphone un nouvel onglet "Internet" propose les options: lorsque disponible, quand le réseau GSM n'est pas disponible, jamais (sélectionner la première option).
Si tout va bien, l'élément sur l'écran Today doit maintenant afficher <Description du serveur SIP>: "Aucun service" (pas de connexion), "Recherche en cours" (connexion en cours), ou "Sélectionné" (prêt à l'emploi!). Si l'élément affiche uniquement "Appels Internet: Désactivé" c'est que la configuration n'est pas reconnue: essayez de redémarrer, si ça ne suffit pas installez une autre version de WM6VoIP.
Si le service est actif, vous pouvez sélectionner la VoIP ou la téléphonie classique en cliquant sur l'élément de la page Today, le service passe de "Sélectionné" à "Disponible" et vice-versa. Vous pouvez maintenant passer vos appels! Le tout est complètement intégré: liste de contacts (Outlook + SIM), historique des appels, ...
Seul "léger"

Enfin, j'espère que ce résumé pourra tout de même servir et que ceux qui voudront s'aventurer sur ce terrain auront plus de chance que moi...
PS: je n'ai pas abordé l'aspect dialplan, peut-être dans une prochaine version s'il y a de l'intérêt. Disons simplement que la config par défaut - US bien sûr - est utilisable même si le numéro n'est pas affiché proprement.
Quelques références (en anglais) pour terminer:
Tutoriels installation: il y en a plein sur le web, par exemple ici, ici, ici
Comment restreindre l'utilisation de la VoIP selon la connectivité (édition du registre)
Un éditeur de registre pour WM